临床医学（八年制）专业一直坚持少而精的办学理念，小规模招生，从严执教，强调高进、优教、严出，医学预科与医学本科分段式教学，重视对学生知识基础和知识结构的要求，重视培养学生的整体素质，实行导师制，在临床教学阶段，由临床教师对学生进行一对一的指导，强调因材施教、精雕细刻，坚持开放办学和国际交流。为拓宽学生国际视野，每一位学生均有境外短期交流的机会，同学们可以参加学校组织的外派项目，也可自行联系交流学校。该专业被列为教育部的特色专业建设点。
协和在美国中华医学基金会（纽约）的资助下，自1995年起又设立了医学博士和理学博士（M.D.＆Ph.D.）双博士教育项目，选拔少数经过八年学习、取得医学博士（M.D.）学位的优秀毕业生，继续学习３年时间，进一步加强其科学研究能力的训练。学生在完成规定学业，成绩合格，并通过论文答辩后，再授予理学博士（Ph.D.）学位。培养学生成为既具有较强的医疗实践能力，又具有独立进行医学科学研究能力的复合型高层次医学人才。
培养目标：实行八年一贯制，加强基础，注重技能，强调素质，整体优化，面向临床、科研的培养方式。培养具有较广泛的人文、社会科学知识，宽厚的自然科学基础知识和坚实的基础医学理论，一定的预防医学知识和能力，系统的临床医学理论知识，较强的自学能力和临床分析和思维能力，熟练掌握一门外语，富有开拓精神，具有满足21世纪医学科技竞争和社会需要的基本素质和较大的发展潜力，足以参与国际竞争的高层次医学人才。
课程设置：临床医学专业学制为八年。前两年半为医学预科阶段，在清华大学学习普通自然科学、社会科学和人文科学课程；后五年半为医学本科阶段，在协和本部学习基础医学和临床医学课程，完成临床实习、科研训练和毕业论文。学生按规定修完所有课程（平均分80分以上，最多有一门课为重修通过），完成论文答辩，通过大学英语六级，可获得医学博士学位。
医学预科阶段，2 . 5 年，在清华大学生命科学学院进行。课程分为通识教育、专业教育、自主发展课程。学生根据要求选课。通识教育包括政治、体育、外语、文化素质、军事理论等课程。专业教育包括数学与统计课程群（微积分、线性代数、概率论等）、物理课程群（大学物理等）、化学课程群（无机与分析化学、有机化学等）、生物课程群（普通生物学、生物化学等）、生物医学高级课程群（细胞生物学、遗传学、免疫学等）、医学基础课程群（医学导论、医学微生物学基础等）、计算机科学课程群（计算机文化基础、计算机程序设计基础、计算机网络等）。自主发展课程包括生命科学类和多学科交叉课程群等。
医学阶段，其中1.5年在协和基础学院学习，3 年4个月在协和临床学院学习，以及8个月科研训练。医学阶段课程包括通识教育、专业教育、自主发展课程。通识教育包括政治、外语、美育课程。专业教育包括人文社会科学与行为科学（医学伦理学、医学心理学等）、生物医学（人体结构功能学、疾病机理与药理学、局部解剖学、医学微生物学、寄生虫学、医学免疫学、医学遗传学、病理解剖学等）、公共卫生课程（医学统计学、流行病学、社会医学等）、临床医学（诊断学、内科学、外科学、妇产科学、儿科学、神经病学、中医学、眼科学、耳鼻喉科学、口腔科学、皮肤科学、急诊医学、精神病学、临床药理学、临床肿瘤学等，含见实习）、科学方法教育（科研导论、循证医学等）。自主发展课程包括专业选修课程和研究生课程。
临床教学基地：校附属六所医院：中国医学科学院北京协和医院、中国医学科学院阜外医院、中国医学科学院肿瘤医院、中国医学科学院整形外科医院、中国医学科学院血液病医院、中国医学科学院皮肤病医院。此外学校还拥有北京天坛医院、北京儿童医院、应急总医院、北京航天总医院等教学医院。
学生就业情况：临床医学专业毕业生大多数在各大三甲医院从事临床医疗工作，少数选择出国、科研或公司。国内任职的三甲医院，如北京的中国医学科学院北京协和医院、中国医学科学院阜外医院、中国医学科学院肿瘤医院、北京医院、中日友好医院，上海的瑞金医院，江苏的江苏省人民医院，四川的四川大学华西医院，广东的中山大学肿瘤防治中心等。有些同学出国继续深造，如美国的约翰霍普金斯医学院、英国的牛津大学等。有些同学选择做科研或教学，在国内外的大学、科研机构从事研究、教学工作。有些同学在企业就职，如普华永道北京分公司，中金资本运营有限公司，上海恒瑞制药公司。
